1913 йилдан жадидчилик ҳаракатига қўшилиб, 1917 йилда «Ёш бухороликлар» партиясининг ташкилотчиларидан бири бўлади. У партия марказий қўмитасининг аъзоси этиб сайланган. Лекин Мусо Саиджонов табиатан инқилобий ҳаракатларга қарши бўлиб, ислоҳотларни тадрижий йўл билан ўтказиш тарафдори эди. Шунинг учун ҳам у 1917 йил Бухородаги жадидлар томонидан уюштирилган намойишга қарши бўлган. Амир билан жадидлар ўртасидаги музокарада қатнашган. Мусо Саиджонов ўзбек халқи ўзгача миллий тараққиёт йўлидан боришига ишонган. Унинг сиёсий қарашлари коммунистик мафкурага зид бўлган, шунинг учун ҳам у 1920 йилда Ёш бухороликларнинг коммунистик йўналишдаги гуруҳига кирмаган. Кейинчалик у сиёсатдан узоқлашиб, маориф соҳасида фаолият кўрсатган.
Тошкентда ўқитувчилар институтини тугатгач, Хўжандда муаллимлик қилган ва театр тўгаракларида қатнашган. Бухоро Халқ Совет Республикаси (БХСР) тузилгач, у озиқ-овқат нозири (1920 йил сентябрь —1921 йил март), иқтисодиёт нозири муовини (1921 йил март — август), давлат назорати нозири (1921 йил октябрь — 1922 йил январь), ЧК (Фавқулодда комиссия) раиси (1921 йил август — сентябрь), молия нозири (1922 йил февраль — апрель), Халқ Хўжалик Олий Кенгаши раиси муовини (1922 йил октябрь — 1923), маориф нозири (1923 йил июнь — 1924) лавозимларида меҳнат қилган.
Бухоролик талабаларни Германияга ўқишга юбориш ташаббускорларидан бири. «Миллий иттиҳод» ташкилоти фаолиятида қатнашиб, А. З. Валидий билан яқин алоқада бўлган. Бухоро илмий жамиятини тузиш (1921) да фаол қатнашган ва БХСР да маориф муассасаларини ташкил қилиш, меъморий обидаларни муҳофазалаш, тарихий қўлёзмаларни тўплаб, уларни тартибга солиш, халқ оғзаки ижоди намуналарини тўплаш каби ишларда жонбозлик кўрсатган. Ўзбекистон тарихий ёдгорликларини муҳофаза қилиш қўмитаси раиси, унинг Самарқанд бўлими илмий ходими (1925—36) бўлиб ишлаган. У ўзбек олимларидан биринчи бўлиб шарқшуносларнинг Ленинградда бўлган 3-конгресси (1935)да қатнашган ва Кўчкунчихон мақбараси ҳақида илмий маъруза килган. Илмий фаолияти учун олимга профессор унвони берилган. «Шаҳрисабз меъморий ёдгорликлари тарихи», «Самарқанднинг меъморий ёдгорликлари», «Шайх Сайфиддин Боҳарзийнинг вақфномаси» номли асарлар муаллифи.
Мусо Саиджонов умрининг охиригача илмга садоқатли бўлган. Унинг сафдошлари Саиджоновни зеҳни баланд, заковати юксак, маданиятли, покиза ахлоқли инсон сифатида билишган.
Ўзбек миллий зиёлиларининг кўзга кўринган вакили сифатида тоталитар тузумнинг жадидчилик тарихини бузиб кўрсатганига қарши чиққани, ўзбек давлатчилиги тарихи масалаларини холис тадқиқ қилгани, маданий меросга ҳурмат билан ёндошгани, «Миллий иттиҳод» ташкилоти фаолиятига қатнашгани учун совет режими томонидан Самарқандда қамоққа олинган (1937 йил 13 апрель) ва отиб ташланган. 1965 йил 2 декабрда оқланган.
