Отасидан мерос қолган катта бойликни янги усул мактаблари очишга, ёш бухороликлар сиёсий фаолиятини моддий қўллаб-қувватлашга сарфлади. 1917 йилдан бошлаб Ф.Хўжаев ва Фитрат партиянинг сўл қанотига бошчилик қилиб, Бухорода аввал конституцион монархия, сўнгра демократик республика тузиш учун курашдилар. Ёш бухороликлар амир томонидан таъқиб килингач, Ф.Хўжаев ва унинг сафдошлари Бухорони тарк этишга мажбур бўлишди.
1920-йилда Туркистонда муҳожирликда бўлиб, «Ёш бухороликлар» партиясининг Туркистон бюросини ташкил қилган. Ф.Хўжаев томонидан тузилган партиянинг дастури шариат асосида бўлиб, халқнинг миллий анъаналари ва ўзига хос хусусиятларини эътиборга олган ҳолда Бухорода халқ демократик республикасини ташкил этишни мақсад қилиб қўйган эди.
Бухоро амири тахтдан ағдарилгач ва ҳокимият Ёш бухороликлар қўлига ўтгандан сўнг Ф.Хўжаев ҳукумат раҳбари этиб сайланади. Бу лавозимда у мустақил сиёсат олиб боришга, Россия ва хорижий мамлакатлар билан тенг мулоқот қилишга интилган. 1922-йилда у Германияга чет эл савдо компаниялари ва йирик савдогарлар билан шартнома тузишга борган.
1925 йилда Ф.Хўжаев Ўзбекистон Халқ нозирлари кенгашининг раиси этиб сайланди. У ўз фаолиятида ўзбек халқининг иқтисодий ва маданий равнақига хизмат қилувчи тадбирларни амалга оширишга интилди. Ф.Хўжаев совет тузуми томонидан миллий зиёлиларнинг фаолиятини чеклаш сиёсатига қарши чиқди. У узоқ йиллар давомида марказнинг тазйиқи остида ишлашга мажбур бўлди. 1926 йилда жадидчилик тарихига бағишланган «Бухоро инқилоби тарихига материаллар» китоби учун компартия томонидан қаттиқ таъқибга олинди.
Ф.Хўжаев ҳукумат раҳбари сифатида Ўзбекистоннинг халқ хўжалиги (пахтачилик, ирригация, капитал қурилиш, чорвачилик)ни ривожлантиришга, маориф ва маданиятни равнақ топтиришга ҳаракат қилди, бироқ янгича тусдаги мустамлака шароитида бу интилишларнинг бефойда эканини кейинроқ англаб етди.
Ф.Хўжаев БХСРнинг мустақил ички ва ташки сиёсат юритишига, иктисодий ислоҳотлар ўтказиш ва демократик эркинликларни жорий килишга алохида эътибор қаратиб, Совет Россиясидан ташқари Эрон, Туркия, Афғонистон, Хитой, Озарбайжон, ХХСР, шунингдек, Германия ва Япония билан дипломатик алоқалар ўрнатган. У талабаларни хорижга жунатиб ўқитишнинг ташаббускорларидан бири бўлган.
Ф.Хўжаев ўз фаолияти давомида ўзбек халқининг иқтисодий ва маданий равнақига хизмат қилувчи тадбирларни амалга оширишга интилди. У ВКП(б) МК Ўрта Осиё бюроси ва Ўзбекистон КП МКга нисбатан мухолифат мавқеида турган «ўн саккизлар гуруҳи» (1925 йил ноябр)га хайрихоҳ бўлган. «Қулоқ»ларни синф сифатида тугатиш сиёсатини ёқламаган. Ўзбекистонда ёппасига чигит экилиши пахта яккаҳокимлигига олиб келади, деб ҳисоблаган. Ўзбекистонда замонавий саноат иншоотлари қурилишида ташаббускор бўлган.
Ф.Хўжаев давлат арбоби, тарихчи ва иқтисодчи олим, публицистжурналист сифатида бой илмий мерос қолдирган. Унинг «Бухоро инқилобининг тарихига материаллар» (1926), «Бухородаги революция ва Ўрта Осиёнинг миллий чегараланиши тарихига доир» (1932) китоблари, «БХСРдаги иқтисодий аҳвол» (1924), «Ёш бухороликлар тўғрисида» (1926), «Жадидлар» (1926), «Босмачилик» (1930) мақолаларида Ўзбекистон тарихининг ХХ аср 1-чорагидаги жиддий муаммолар кўрсатилган.
Ф.Хўжаев 1937 йил 9 июлда Москвада қамоққа олинди. Ўнта Советларга қарши «Ўнг троцкийчи блок» фаолиятига қўшилганлиги ҳамда «Миллий иттиҳод» ташкилоти фаолиятига раҳбарлик қилганлик, «босмачилик» ҳаракати ва қўрбошиларни қўллаб-қувватлаганлик, Фитрат, Чўлпон, Абдулла Қодирий ва бошқа ўзбек зиёлиларига ғамхўрлик кўрсатганлик каби айблар қўйилди ва отишга ҳукм қилинди. Ҳукм Москва атрофидаги Бутово катлгоҳида ижро этилган.
1965 йил 6 мартда СССР Олий суди ҳарбий коллегияси Ф.Хўжаевни айбсиз деб топди ва оқлади. Ўзбекистонда Ф.Хўжаевнинг 100 йиллик юбилейи нишонланди (1996). Ф.Хўжаев асарлари ва у ҳақидаги тадқиқотлар нашр этилди. «Бухоронинг жин кўчалари» (А. Мухтор) қиссаси, «Инкилоб тонги» (К. Яшин) драмаси, «Мен яшашни истайман» (Н. Наимов) роман-хроникаси ва бошқа асарлар Ф.Хўжаев фаолиятига бағишланган.
