Чор маъмуриятининг ерли аҳолини мардикорликка олиш сиёсатига қарши чиққанлиги учун подшо махфий полицияси таъқибида бўлди. 1916 йил қўзғолони шафқатсизларча бостирилгач сиёсий муҳожир бўлиб Қашқар (Хитой)га кетди, кейин Шарқий Туркистон (Ғулжа шаҳри)га борди. Омма орасида ҳуррият ғояларини тарғиб қилганлиги сабабли 1937 йил Хитой маъмурлари томонидан ҳибсга олиниб, умрбод қамоқ жазосига ҳукм этилди. 1941 йил адлиявий тафтиш натижасида озод қилинди.
1944 йил 12 ноябрда Шарқий Туркистон жумҳурияти эълон қилиниб, Алихонтўра Соғуний Муваққат инқилобий ҳукумат раислигига сайланди. Миллий қўшин ташаббускори бўлди ва унга қўмондон этиб тайинланди. 1946 йил июнда шўро айғоқчилари томонидан махфий равишда тазйиқ билан Ғулжадан олиб чиқиб кетилган Алихонтўра умрининг охиригача Тошкентда яшади.
Аҳмад Донишнинг «Наводир-ул вақое», Дарвиш Али Чангийнинг «Мусиқа рисоласи», шунингдек «Темур тузуклари» каби асарларни таржима қилди. Алихонтўранинг «Девони Соғуний» шеърий тўплами, «Тарихи Муҳаммадий», «Шифо ул-илал» («Хасталиклар давоси»), “Туркистон қайғуси” ва бошқа асарлари бор.
Алихонтўра тарихий меъморлик обидалари ва қадимий қўлёзмаларни сақдаб қолишда жонкуярлик қилган. Тошкентдаги Шайх Зайниддин бобо қабристонига дафн этилган. Ўзбекистон мустақилликка эришгач, Алихонтўра Соғунийнинг хотирасини абадийлаштириш мақсадида Тошкентнинг Яккасарой туманидаги ўрта мактабга, Чилонзор туманидаги маҳаллага, Шайхонтоҳур туманидаги кўчага унинг номи берилди.
Қўшимча мақолалар:
Қутлуғхон Шокиров. Икки туркистон ғурури (1992)
Бахтиёр Ҳайдаров. Тақдирни буюкликка улаган зот (2006)
Алихонтўра Соғуний шеърларидан намуналар
